A sokszínű 18. század
A 17. század második felétől Bodrogkeresztúr birtokai a Rákócziak kezébe kerültek. 1699-ben Rákóczi Ferenc gyermekei, II. Rákóczi Ferenc és Rákóczi Julianna megállapodtak a birtokok felosztásában, amelynek révén Bodrogkeresztúr Rákóczi Julianna birtoka lett, aki ekkor már a lotharingiai származású Aspremont Ferdinánd felesége volt. Leszármazottjaik egészen 1945-ig Bodrogkeresztúr földesurai voltak.
A 18. század a vallási sokszínűség kialakulásának a korszaka a településen. Míg az 1600-as években nagyrészt református vallású volt a város, s a katolikus templomot is a reformátusok használták, az ellenreformációnak, katolikus megújulásnak köszönhetően a 18. század elejétől a templomot visszakapták a katolikusok. A településen egészen II. József türelmi rendeletéig nem lehetett újból református templom, Debreceni Ember András is arról ír a Tokaj-Hegyaljáról szóló versében, hogy a kálvinisták egy borházban kénytelenek az istentiszteleteket tartani.
Az 1700-as évek elején érkezhettek meg a településre az első zsidó lakosok, akik részben borkészítésből és kereskedelemből, részben pedig kocsmáztatásból éltek. A település vallási sokszínűségét tovább erősítette 1766-ban a Görögkatolikus Egyházközség megalapítása. A barokk stílusú Szent György Nagyvértanú tiszteletére szentelt templomot 1782-ben építették.